個人票-退票手續費
非對號列車乘車票：免收。
無座之對號列車乘車票：免收。
已劃座之對號列車乘車票：
乘車日當日（D）：按每張車票票價10%收取，並不得低於20元。
乘車日前1日至前2日（D-1~D-2）：按每張車票票價5%收取，並不得低於20元。
乘車日前3日至前24日（D-3~D-24）：按每張車票20元收取。
乘車日前25日以上（D-25以上）：按每張車票10元收取。
非對號列車車票或未指定車次對號列車車票，最晚應於乘車日當天向本公司各電腦連線售票站辦理退票；對號列車車票，應於列車開車前辦理退票，逾時不予受理。
各類專案退票（如遺失/遺忘攜帶或誤乘等）均應收取10%退票手續費。
車票票款不足支付退票手續費時，不退還票價，亦不補收手續費。
表一：一般車票退票手續費標準簡明表（團體票不適用）
表一：一般車票退票手續費標準簡明表（團體票不適用）
車票
退票手續費
備註
非對號
無
未指定班次
對號
無
無座對號
無；但有座位車票經乘車變更為無座位車票，再申請退票者不適用本項規定。
指定班次對號
乘車日當日（D）
10%
不得低於20元
前1至2日
（D-1至D-2）
5%
不得低於20元
前3至24日
（D-3至D-24）
20元
前25日以上
（D-25以上）
10元
專案退票（不分對號或非對號車票）
10%
不得低於20元
乘車變更後再申請退票
按車票所載基準日期收取手續費
1. 車票印「換{*MMDD}」（原乘車日）字樣
2. 以距離退票日較近之乘車日計算退票手續費，如退票日已逾乘車日，退票手續費按10%計算
颱風天退票（詳細範例如附件）
（一）依據本公司旅客運送契約第41點規定略以「自本島海上颱風警報發佈之日起至解除之日止，旅客預定乘車班次因受颱風影響或旅客無法搭乘者，得申請全額退款」。
（二）為提供旅客退票之便利性，自113年7月1日起本公司颱風退票免收手續費之條件，辦理方式如下：
1. 車票狀態：未使用。
2. 退票日：海警發布首日之前一日至車票乘車日起一年內。
3. 乘車日：
（1） 本公司預設本島海上颱風警報均持續3日，實際警報小於3日者，仍以3日辦理。
（2） 本島海上颱風警報逾3日者，其未預設之天數依旅客運送契約第41點辦理。
（三） 上開退票通路僅限本公司各車站、官網及台鐵e訂通；非於前述通路退票者，恕無法退還退票手續費。
換票
旅客持用各級對號列車乘車票申請乘車變更，第一次申請免費，乘車變更內容限變更車次、日期、車種、票種、座位，不受理變更車票所載之起、迄站及方向，亦不受理非對號列車車票與對號列車車票之間變更；非屬前款之免費受理範圍，以及第二次申請乘車變更時，按退票方式處理，並收取退票手續費。
乘車變更申請期限，最遲為當日當次車開車前30分鐘辦理；不足30分鐘者，僅受理旅客退票，直至當日當次車開車為止。
旅客申請乘車日期變更後退票，按原購車票日期計算手續費，但變更後乘車日期較原乘車日提早時，按變更後乘車日期計算手續費。
信用卡付款退換票
信用卡刷卡購買車票辦理退(換)票，須憑原購票信用卡辦理。
會員點數折抵換票
一般車票限變更乘車日期或車次(須相同起訖站，相同等級列車且票價相同)一次。